« Discussion Projet:Biologie/Taxobot » : différence entre les versions

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::::* get_xml() que j'ai modifié hier : peut-être que le format XML est parfois étrange, mais ça a marché avec quelques taxons que j'ai testés (Elmidae, ...).
::::* get_xml() que j'ai modifié hier : peut-être que le format XML est parfois étrange, mais ça a marché avec quelques taxons que j'ai testés (Elmidae, ...).
::::Je referais quelques tests pour voir ; sinon ta modif semble répondre au problème : plus qu'à regrouper [https://github.com/Hexasoft/taxobot/blob/main/modules/mod_itis.php#L213 L213] & [https://github.com/Hexasoft/taxobot/blob/main/modules/mod_itis.php#L186 L186] {{tire langue}} [[User:LD|LD]] ([[Discussion Utilisateur:LD|d]]) 26 novembre 2023 à 17:50 (CET)
::::Je referais quelques tests pour voir ; sinon ta modif semble répondre au problème : plus qu'à regrouper [https://github.com/Hexasoft/taxobot/blob/main/modules/mod_itis.php#L213 L213] & [https://github.com/Hexasoft/taxobot/blob/main/modules/mod_itis.php#L186 L186] {{tire langue}} [[User:LD|LD]] ([[Discussion Utilisateur:LD|d]]) 26 novembre 2023 à 17:50 (CET)
:::::@[[user:LD|LD]] : je ne pense pas que ce soit lié aux timeouts sur ce cas précis, car le taxon n'existe pas chez ITIS. Par ailleurs je reçois bien une "vraie" réponse de ITIS : [https://www.itis.gov/ITISWebService/services/ITISService/searchByScientificName?srchKey=Daucus+junceus l'URL sous-jacente] où on voit bien une réponse "normale" (searchByScientificNameResponse + return) mais le contenu du return contient 'nil=true' !
:::::C'est visiblement ce que ITIS retourne pour tout taxon non connu (j'ai testé avec divers noms inexistants) : soit ça a changé soit une modif dans le code fait qu'on arrive maintenant ici alors qu'avant on sortait plus tôt.
:::::De toute façon ça ne peut pas faire de mal de vérifier la présence du 'tsn' puisque sans ça on ne peut rien faire {{sourire}} A+ [[Utilisateur:Hexasoft|Hexasoft]] ([[Discussion Utilisateur:Hexasoft|discuter]]) 26 novembre 2023 à 18:41 (CET)


=== <s>Demande 159</s> ===
=== <s>Demande 159</s> ===

Version du 26 novembre 2023 à 19:41

Suggestions bienvenues !

Section 0b

Note : je déplace aussi les discussions « dépassées » ici : Discussion utilisateur:Hexasoft/Taxobot/Discussions traitées. Hexasoft (discuter) 28 avril 2021 à 21:35 (CEST)[répondre]

Bugs / modifications

Ci-dessous les remontées de bugs et les demandes de modification. Merci de respecter le format et de ne mettre qu'une chose par demande (pour simplifier le suivi).
Note : les demandes traitées (fait ou refusé) sont déplacées régulièrement ici : Discussion utilisateur:Hexasoft/Taxobot/Traités.
Note : une demande « traitée » peut ne pas encore être à jour sur l'URL d'accès.

=== Demande N ===
* Type : bug / modification / fonctionnalité
* Description :
* Signature : ~~~~

Demande 67

Demande 80

  • Type : fonctionnalité
  • Description : classification selon Tropicos, par défaut pour les plantes ?
  • Signature : 74laprune (discuter) 25 septembre 2021 à 13:01 (CEST)[répondre]
    @74laprune : j'ai jeté un œil (Tropicos est déjà présent, mais uniquement en liens externes). Il semble que Tropicos ne retourne pas de classification complète. Par exemple sur Poliothyrsis ça monte jusqu'à la classe et ça s'arrête… Par ailleurs les infos sont un peu pauvres non ? Pas de publi originale me semble-t-il ; je n'ai vu que des "common names" en chinois ; de loin dans le brouillard je n'ai pas trouvé comment déterminer si on avait affaire à un synonyme ou pas ; que dire des nom. nud. ? exemple ; que faire des "Type Specimens" ? (exemple). Hexasoft (discuter) 12 avril 2022 à 14:50 (CEST)[répondre]
    Bonjour Hexasoft Émoticône. Tout d'abord merci pour toutes les demandes traitées entre-temps. Pour Tropicos : oui toutes les plantes terrestres (Embryophytes) y sont classées dans la classe des Equisetopsida. Ceci n'empêche pas de fournir une classification (cf. Catégorie:Taxobox utilisant la classification selon Tropicos). Je trouve au contraire que les infos ne sont pas pauvres du tout ! Pour reprendre l'exemple de Poliothyrsis : il y a bien la publi originale (avec la date) « Published In:Hooker's Icones Plantarum 19: , pl. 1885. 1889. (Hooker's Icon. Pl.) Name publication detailView in BotanicusView in Biodiversity Heritage Library » + l'abréviation d'auteur « Oliv. » + le nom complet « Oliver, Daniel » + les taxons inférieurs + par ex pour Lindernia dubia il y a aussi les synonymes. Par contre il n'y a effectivement jamais de noms communs en français. Concernant le statut des noms, je suis en fait d'avis de compiler deux sources : Tropicos et POWO. POWO fournit le statut taxinomique des noms (synonyme ou nom correct), la liste de synonymes et la liste des taxons inférieurs acceptés. POWO ne fournit par contre pas de classification, contrairement à Tropicos. La liste des sous-taxons de Tropicos a la particularité de réunir indifféremment des noms corrects et des synonymes. On pourrait donc avoir un résultat avec : la classification dans la taxobox selon Tropicos, la liste des synonymes selon POWO, et deux listes de taxons inférieurs, selon Tropicos et selon POWO. @TED pour info et avis. Le bot devient en tout cas de plus en plus performant et polyvalent ! Merci et joyeuses Pâques Émoticône sourire,--74laprune (discuter) 17 avril 2022 à 15:51 (CEST)[répondre]

Demande 93

  • Type : fonctionnalité
  • Description : ajouter les taxobox selon Algaebase (voir aussi #Demande 92 pour l’ajout des bio refs et #Demande 94 pour l’ajout des listes de sous-taxons).
  • Signature : TED 21 février 2022 à 09:47 (CET)[répondre]
    @TED : j'ai commencé à regarder Algaebase. Je devrais pouvoir faire quelque chose, leur API est (presque) utilisable facilement (bon, il va encore falloir que je "hack" leurs simili-protections à deux balles. Par contre je vais commencer par fournir des liens externes (et autres données éventuellement disponibles fournies par les "non-classification", comme les noms en français, répartition, etc.). C'est le plus simple, mais c'est un point de départ. Hexasoft (discuter) 28 février 2022 à 21:14 (CET)[répondre]

Demande 94

  • Type : fonctionnalité
  • Description : ajouter les listes de sous-taxons selon Algaebase (voir aussi #Demande 92 pour l’ajout des bio refs et #Demande 93 pour l’ajout de la taxobox).
  • Signature : TED 21 février 2022 à 09:47 (CET)[répondre]
    C'est fait pour les taxons supérieurs au genre. Le reste est en cours.
    Remarque : actuellement Taxobot ne génère les sous-taxons que à partir de la classification choisie (pas de sous-taxons selon X + sous-taxons selon Y etc.). Ce n'est pas prévu dans l'immédiat, et je ne sais pas si c'est nécessaire (ce qui est certain c'est que ça peut rallonger pas mal la durée d'exécution). Hexasoft (discuter) 24 avril 2022 à 19:31 (CEST)[répondre]

Demande 111

Demande 118

@74laprune : hmmm… Ça le fait encore ? Quand j'ai testé sur Centrospora acerinaMycocentrospora acerina ça me retourne (sans les sauts de ligne) == Publication originale == * {{Article |titre=Mycocentrospora, a new name for Centrospora Neerg. |auteurs=Deighton, F.C. |année=1972 |volume=21 |passage=716-716 |périodique= }}. Ça me semble ok.
Si c'est corrigé je raye Émoticône sourire. Hexasoft (discuter) 19 février 2023 à 23:50 (CET)[répondre]
Noté traité. À rouvrir le cas échéant, mais de mon coté ça fonctionne. Hexasoft (discuter) 8 mars 2023 à 12:14 (CET)[répondre]
Notification Hexasoft : j'ai testé avec le même nom, j'obtiens Taxon 21 (5-6): 716 (1972). Pourtant j'ai bien fait « git pull ». Le problème doit venir de mon ordi ? Émoticône--74laprune (discuter) 14 juillet 2023 à 12:00 (CEST)[répondre]
Notification 74laprune : hmmm… je viens de lancer php ./taxobot.php -classification mycobank -taxon "Centrospora acerina" et j'obtiens toujours * {{Article|titre=Mycocentrospora, a new name for Centrospora Neerg.|auteurs=Deighton, F.C.|année=1972|volume=21|passage=716-716|périodique=}}. J'ai vérifié, je n'ai pas de fichier modifié en local et je suis « à jour » du git, donc là franchement je ne comprends pas Émoticône sourire A+ Hexasoft (discuter) 7 octobre 2023 à 20:24 (CEST)[répondre]
Pour info, j'ai le même résultat qu'Hexasoft, ma version est à jour également. LD (d) 7 octobre 2023 à 21:50 (CEST)[répondre]
Bonsoir LD Émoticône et Bonsoir Hexasoft Émoticône, ravi que tu sois revenu ! J'ai encore retenté, après avoir fait git pull, j'obtiens toujours « * Taxon 21 (5-6): 716 (1972) » Pleure. Tant pis pour moi, ça vient sûrement de mon ordi.--74laprune (discuter) 7 octobre 2023 à 21:52 (CEST)[répondre]
@74laprune réessaye après un pull. Cela vient peut-être des comits de Juillet qui étaient sur nos ordis mais pas dans le github Émoticône (ou alors j'ai tout cassé :D mais ça marche toujours !) LD (d) 7 octobre 2023 à 22:21 (CEST)[répondre]
Notification LD : toujours pas malheureusement.--74laprune (discuter) 7 octobre 2023 à 22:31 (CEST)[répondre]

Demande 130

Demande 131

Demande 132

Demande 133

Demande 136

Demande 137

  • Type : modification
  • Description : changer le lien de Cancer vers Cancer. Erreur constatée dans la phrase relative au protonyme et probablement ailleurs. Également Pilumnus vers Pilumnus. Merci !
  • Signature : Pharma 💬 19 août 2023 à 18:29 (CEST)[répondre]
    Hello Notification Pharma : c'est compliqué, en fait. Il faudrait à Taxobot une liste des redirections existantes (le nombre de noms de genres qui correspondent à des pages d'homonymies voire d'autres pages est en effet significatif). Et encore c'est complexe : il existe des noms de genre qui sont les mêmes en botaniques et en zoologie ! Que choisir quand on a à la fois d'autres termes et plusieurs genres ? Je vais voir si je peux préparer une table de redirection pour ce genre de choses qui sera gérée automatiquement, à charge ensuite à tout le monde à faire remonter les collisions existantes. A+ Hexasoft (discuter) 7 octobre 2023 à 20:18 (CEST)[répondre]
    Notification Pharma (et Notification LD pour info) : j'ai créé une gestion des homonymies. Pour le moment il n'y a que deux termes gérés (les deux que tu as indiqué) et ça n'est appliqué que dans la taxobox.
    Il serait intéressant de chercher l'ensemble des termes homonymes mais je ne sais pas comment on pourrait les collecter automatiquement (il faudrait trouver toutes les pages d'homonymie qui pointent sur un nom scientifique). N'hésitez-pas à m'indiquer des homonymes à intégrer. A+ Hexasoft (discuter) 10 octobre 2023 à 23:03 (CEST)[répondre]
    @Hexasoft : Catégorie:Homonymie de genre en biologie Émoticône sourire.--74laprune (discuter) 10 octobre 2023 à 23:13 (CEST)[répondre]
    Haha merci 74laprune. Des fois ce sont les « petits jeunes » qui rappellent les choses aux « vieux » Émoticône. Je vais préparer un bot pour parcourir tous les liens de ces articles pour trouver lesquels ont des taxobox, afin de créer une liste d'homonymie. Il faudra voir combien sont combinés (végétal + animal). Ceci dit je pense qu'on risque de rater les articles n'ayant pas de page d'homonymie, non ? Il me semble que certains n'ont qu'un « voir autre » (je sais plus le long). Mais ça devrait déjà débroussailler les choses. A+ Hexasoft (discuter) 10 octobre 2023 à 23:52 (CEST)[répondre]
    Cool. Merci. Je ne pense pas que ces catégories d'homonymie seront utiles pour Taxobox car il faut alors choisir entre un taxon 1 et un taxon 2. Cela pourrait éventuellement se faire mais j'imagine plutôt une maintenance du projet biologie pour déshomonymiser les taxobox : exemple.

    Je pensequ'on doit récupérer la liste des pages qui possèdent {{taxobox}} et des parenthèses dans le titre, puis vérifier qu'il y a un article du même sans nom parenthèses qui n'ait pas de taxobox (idéalement). Ex. Cancer (crustacé) => Cancer.
    @Hexasoft, ne te lance pas dans un bot. J'ai un peu de temps pour regarder avec le dump. LD (d) 11 octobre 2023 à 06:30 (CEST)[répondre]
    @LD : ok, super ! Remarque que le cas de deux taxons ayant le même nom n'est pas le plus courant (ex. Abronia), la plupart ce sont des trucs comme Cancer. Le format de la table d'homonymes n'est pas compliqué. Hexasoft (discuter) 11 octobre 2023 à 09:53 (CEST)[répondre]
    @Hexasoft Récupérer la liste m'a pris exactement 2 mns (si je ne compte pas le téléchargement du dump ^^).
    Je n'ai plus qu'à traîter Utilisateur:LD/Brouillon/2 puis à mettre dans la table Émoticône LD (d) 11 octobre 2023 à 10:01 (CEST)[répondre]
    Efficace LD ! Gaffe, il y a quelques faux-positifs. Entre autres les sous-genres qui ont des parenthèses Émoticône. Il y en a un je comprends pas le nommage : Actinotignum schaalii (Actinobaculum) ! A+ Hexasoft (discuter) 11 octobre 2023 à 10:05 (CEST)[répondre]
    Remarque : certaines homonymies sont curieuses. Par exemple Austroleptis (diptère) → pourquoi une précision entre parenthèses alors qu'il n'existe aucun terme homonyme (en tout cas via une petite recherche google et chez nos amis en anglais). Il y en a quelques 10aines comme ça à vue de nez. Hexasoft (discuter) 11 octobre 2023 à 11:19 (CEST)[répondre]
    C'est l'occasion de faire un peu de ménage. Je ne m'attendais pas vraiment à ça mais ce n'est pas grave. Je remplirais au fil de l'eau.
    J'ai retouché le code (commit), je pense que cela le rend utilisable pour la vérification des liens internes (ex. le RI), tout en introduisant Modèle:Lien vers une page d'homonymie. Ce n'est pas idéal d'y recourir (même si Catégorie:Page contenant un lien à préciser vers une page d'homonymie est utile) mais j'imagine que ce sera mieux que de retourner le nom recherché si c'est effectivement un homonyme. LD (d) 11 octobre 2023 à 14:26 (CEST)[répondre]

Demande 139

Demande 140

Demande 142

  • Type : bug
  • Description : changer la correspondance règne/charte par défaut « Chromista -> algue » en « Chromista -> protiste » par défaut (les foraminifères, les ciliés, les radiolaires, les héliozoaires, etc. ne sont pas des algues) et ne mettre charte algue que quand le phylum a une terminaison en -phyta (et que le règne est Chromista, car les plantes (règne Plantae) ont aussi la terminaison phyta) ou quand on appelle algebase (déjà le cas pour cette deuxième condition)
  • Signature : 74laprune (discuter) 28 août 2023 à 22:37 (CEST)[répondre]
    Il va falloir m'éclairer, @74laprune :
    Actuellement le module algae dit :
    • si Kingdom = [Ee]ubacteria => charte 'bactérie'
    • si Phylum [Tt]racheophyta => charte 'végétal'
    • si Kingom = [Pp]rotozoa => charte 'protiste'
    • sinon => algue

    Concrètement, est-ce que « taxons concernés » dans l'infobox de droite de Algue sont à jour ? Si oui, on peut utiliser ces règles pour dire quand c'est une algue.

    Par défaut, j'aurais tendance à changer le paradigme du module :
    • si X condition(s) => charte (décliné pour les 4 chartes : bact., végé., prot., algue)
    • si ces conditions ne sont pas remplies => charte neutre

    Pour « Chromista -> algue » en « Chromista -> protiste » ; ça concerne plusieurs modules de classif (itis, gbif, ...). Pour la terminaison -phyta, Tracheophyta semble un contre-exemple (je ne suis pas botaniste) ; donc veut-on vraiment conserver la charte « algue » dans d'autres modules que algaebase ? Si oui, alors mon idée de définition d'une algue, par un module ou une fonction externe aux modules spécifiques, me semble être la meilleure solution. LD (d) 29 août 2023 à 18:39 (CEST)[répondre]

@LD le but est que toutes les taxobox algue suivent la classification AlgaeBase, or quelques taxons d'algaebase ne sont pas des algues d'où les critères évoqués ci-dessus. J'ai précisé « et ne mettre charte algue que quand le phylum a une terminaison en -phyta (et que le règne est Chromista, car les plantes (règne Plantae) ont aussi la terminaison phyta) » pour être bien clair. Oui « taxons concernés » dans l'infobox de droite de Algue sont à jour car la définition des « algues » n'évolue pas, étant un regroupement polyphylétique abandonné dans les classifications. Par contre selon les sources, les noms d'un même taxon peuvent changer et on ne saura jamais si la liste donne tous les noms possibles. Je pense qu'avec la situation actuelle (mise au point avec cette demande), on devrait résoudre tous les cas de figure. Amicalement,--74laprune (discuter) 29 août 2023 à 19:07 (CEST)[répondre]

Demande 144

Demande 145

Demande 146

  • Type : bug
  • Description : pour le lien {{Taxonomicon}}, entre homonymes, choisir uniquement le nom d'un taxon (exemple : Saga)
  • Signature : 74laprune (discuter) 30 septembre 2023 à 19:16 (CEST)[répondre]
    Hmmm… @74laprune : un peu chiant il n'y a rien dans le code pour identifier ce que c'est. Bon, si, le « (Genus) » ça aide Émoticône sourire. Mais il faudrait avoir tous les bons termes possibles (sinon je risque de jeter une réponse valide parce que j'avais pas prévu le terme). Du style "cultivar", ou "hybrid", etc. Hexasoft (discuter) 8 octobre 2023 à 18:48 (CEST)[répondre]
    En fait c'est même plus chiant que ça : certaines entrées ont une précision (soit de nature par ex. "Minor planet", "Geographical region", soit de rang comme "Genus" ou "Clade"). Mais d'autres entrées n'ont aucune indication (par ex. Tactopoda). Je peux tenter de trouver la liste des indications de rangs et vérifier que la précision est dans la liste, mais il faudrait être sûr qu'il n'y a pas de de trucs autres que des taxons qui n'ont pas de précision ! Hexasoft (discuter) 8 octobre 2023 à 19:42 (CEST)[répondre]
    C'est triable par ?subject :
    Pour les vivants, il y a notamment High, Family, Genus, Species, Low. Cela réduit le risque de confusion.
    Cela dit, lorsque le taxon a des homonymes, il faudrait aussi regarder dans Homonym. Exemple d'Orthodon : Homonym et Genus. Le plus simple serait probablement de comparer l'auteur et la date. LD (d) 8 octobre 2023 à 19:57 (CEST)[répondre]
    Pour le moment j'ai fait la liste des rangs à partir de leurs données, et je vérifie que le résultat est dedans. Sur le cas Saga ça lui fait bien prendre le bon.
    Et oui, il faudra de toute façon améliorer tout ça : sur ton exemple on a encore le problème d'un même nom scientifique dans des domaines différents (plantes / animaux). Il faudrait déjà détecter la présence de plusieurs réponses. Ou regarder le "domaine" par rapport au module classification, mais c'est complexe. Peut-être juste trier plante/autre vu que c'est toujours entre ça qu'il peut exister des noms valides différents.
    Et aussi, oui, les synonymes. À suivre. Hexasoft (discuter) 8 octobre 2023 à 20:49 (CEST)[répondre]

Demande 148

  • Type : bug AlgaeBase
  • Description : le module AlgaeBase fait un « échec de récupération d'une clé API » et ne doit (probablement) plus fonctionner. À vérifier (je le note ici pour information et suivi).
  • Signature : Hexasoft (discuter) 9 octobre 2023 à 13:51 (CEST)[répondre]
    Il semble que AlgaeBase soit passé de la version 2 à la version 3 de son API. Il va donc falloir que je reprenne ça pour adapter le code à la nouvelle API. Dans l'intervalle le module AlgaeBase est indisponible. Hexasoft (discuter) 9 octobre 2023 à 14:36 (CEST)[répondre]
    Globalement réparé (chez moi). Il faut que je me replonge dans le code, car il ne gère pas les genres par exemple. À suivre. Hexasoft (discuter) 9 octobre 2023 à 15:43 (CEST)[répondre]
    En attendant j'ai poussé ma modif sur le main. Histoire que AlgaeBase refonctionne comme avant. Mais je garde sous le coude de faire évoluer le code pour gérer tous les cas de figure. A+ Hexasoft (discuter) 9 octobre 2023 à 22:05 (CEST)[répondre]
    J'ai re-jeter un œil : leur API est super-chiante. Tu ne peux pas chercher quelque chose sans savoir si c'est une espèce, un genre ou un taxon plus haut. Pour espèce on peut le savoir parce que le nom a deux termes, mais pour le reste faut donc tester, si pas de résultat tester l'autre cas. Bref, ça va demander un peu de boulot. Hexasoft (discuter) 16 octobre 2023 à 19:07 (CEST)[répondre]

Notification LD et 74laprune : pour info je viens de pousser une grosse mise à jour du module AlgaeBase. Cette mise à jour apporte :

  • le support de − normalement − tous les rangs (avant seules les espèces fonctionnaient)
  • l'amélioration de la récupération de certaines infos
  • le support du statut "éteint" (pour les espèces et les genres. Ça ne marche pas pour les taxons supérieurs au genre, il faudra que je regarde si c'est vraiment l'info qui manque ou si j'ai raté un truc) à la fois pour la taxobox et le lien externe (il faudra ajouter le support de l'option dans le modèle algaebase)

Par contre il y aura du nettoyage de code à faire (surtout de la factorisation de code car il y a beaucoup de duplication entre le code qui gère espèce, genre et supérieur…
N'hésitez-pas à tester divers cas de figure pour me faire remonter les éventuels problèmes. A+ Hexasoft (discuter) 17 octobre 2023 à 16:12 (CEST)[répondre]
PS : LD j'ai corrigé un autre problème d'espace dans rendu.php Émoticône

Vu, merci Hexasoft. Je n'aime pas trop quand deux variables "se collent", pour la lisibilité et pour la maintenance. Je me dis que s'il y a une erreur, c'est qu'une variable doit être affectée avec " " ; mais ça peut rester comme ça jusqu'à une amélioration ; par exemple une fonction trim pour tester les variables affectées avec un seul caractère.
D'ailleurs, en catemini, je me suis plongé dans une réécriture partielle de wikipedia.php ; ce qui modifiera pas mal de fichiers ensuite. Mais je ne suis pas sûr de la finir sous peu. Je peux créer une branche si tu souhaites voir le chantier. LD (d) 17 octobre 2023 à 19:06 (CEST)[répondre]
@LD : oui, coller des variables j'aime pas trop non plus, mais quand ça peut être vide et/ou avec (ou pas) des trucs avant/après c'est un peu compliqué.
On peut effectivement envisager de s'en moquer et de passer la sortie finale à un remplacement des espaces multiples par un seul (encore que : pour des noms de fichier par ex. ça peut se produire, mais Taxobot n'en gère pas).
N'hésite-pas pour wikipedia.php : il y a pas mal de portions de code qui ont été faites « à la hache », au moins partiellement. A+ Hexasoft (discuter) 17 octobre 2023 à 19:40 (CEST)[répondre]

Merci Hexasoft et LD Émoticône ! J'ai testé Hexasoft algaebase, ça a fonctionné pour l'espèce Chrysanthemodiscus floriatus, la famille des Chrysanthemodiscaceae et l'ordre des Chrysanthemodiscales, mais pas pour le genre Chrysanthemodiscus. Et aussi curieusement, ça m'a fournit un lien {{ADW}} pour l'espèce et l'ordre alors qu'ADW ne recense que des animaux. Bonne nuit,--74laprune (discuter) 17 octobre 2023 à 22:42 (CEST)[répondre]

Demande 151

Demande 152

@74laprune : tu peux indiquer un exemple où tu as les deux ? Ça aide pour voir ce qu'il en est et tester quand on corrige Émoticône sourire A+ Hexasoft (discuter) 25 novembre 2023 à 17:08 (CET)[répondre]
Notification Hexasoft : pour Daucus junceus nous avons :
Le [[nom correct]] complet (avec [[Citation d'auteurs en botanique|auteur]]) de ce taxon est ''Daucus junceus'' (Willk.) Mart.Flores & M.B.Crespo{{Bioref|GBIF|26 novembre 2023|ref}}.

L'espèce a été initialement classée dans le genre ''[[Durieua]]'' sous le [[basionyme]] ''Durieua juncea'' Willk.{{Bioref|GBIF|26 novembre 2023|ref}}.

Alors que nous pourrions avoir :

Le [[nom correct]] complet (avec [[Citation d'auteurs en botanique|auteur]]) de ce taxon est ''Daucus junceus'' (Willk.) Mart.Flores & M.B.Crespo{{Bioref|GBIF|26 novembre 2023|ref}}. L'espèce a été initialement classée dans le genre ''[[Durieua]]'' sous le [[basionyme]] ''Durieua juncea'' Willk.{{Bioref|GBIF|26 novembre 2023|ref}}.

Amicalement,--74laprune (discuter) 26 novembre 2023 à 12:53 (CET)[répondre]

@74laprune : c'est modifié en ce sens.
Par contre j'ai laissé un retour à la ligne : coté rendu ça change rien et en mode édition ça sépare visuellement les deux parties Émoticône sourire A+ Hexasoft (discuter) 26 novembre 2023 à 16:53 (CET)[répondre]

Demande 153

✔️LD (d) 4 novembre 2023 à 19:25 (CET)[répondre]

Demande 154

@74laprune : hmmm… c'est toujours le cas ? Je viens de lancer php ./taxobot.php -taxon Lagynus et je n'ai pas d'entrée pour ADW.
À moins que @LD ait corrigé quelque chose ailleurs qui a eu un effet sur ce bug ? A+ Hexasoft (discuter) 25 novembre 2023 à 17:03 (CET)[répondre]
Je n'ai jamais réussi à reproduire le bug, @Hexasoft, sous Windows ou Ubuntu.

Le plus probable est qu'ADW ait renvoyé une donnée null, donc existante, d'où cette erreur. En effet, on ne vérifie pas les données null (L130).
Je pense qu'il suffirait de mettre à jour tous les modules afin de vérifier cela ; exemple : if (!isset($struct['liens']['adw']['id']) || $struct['liens']['adw']['id'] === null) { return false; } ; idem avec m_wrms_liens(), etc.

Ou bien, on doit spécifier l'identifiant attendu (L540). Personnellement je préfère cette seconde solution, avec une fonction utilitaire, afin de pouvoir renseigner des formats (vu le bug récent de COL, cf. #Demande 160). C'est juste long à mettre en place, il faut vérifier chaque format au préalable, même si par défaut on peut dire existante et non null et ainsi gagner du temps. LD (d) 25 novembre 2023 à 20:21 (CET)[répondre]
@LD : ah ok ! Je vois ce que tu veux dire. On peut effectivement commencer de façon « bête et méchante » en vérifiant le null pour parer au plus pressé puis au fil de l'eau (quand on travaille sur tel ou tel module) mettre en place la vérification de format.
Au fait, grand merci à toi d'avoir fait vivre ce programme en mon absence ! Tu as géré plein de choses, fait plein de modifications, etc. C'est plus mon programme mais notre programme Émoticône.
Ces derniers temps ma disponibilité est à géométrie variable. <mode histoire-personnelle>Beaucoup de changements : mes filles ont quitté le nid, je gère pas mal de projets coté boulot − oui les cadres sup' n'ont pas d'horaire, mais ça me plaît Émoticône − et je travaille pas mal sur la composition de chansons pour mon groupe de rock Émoticône</mode>. Comme d'habitude je suis hyperactif pendant un certain temps mais je peux « disparaître » sans préavis !
A+ Hexasoft (discuter) 25 novembre 2023 à 22:02 (CET)[répondre]
Bonjour Hexasoft et LD Émoticône, ah bah ça ne me le fait plus Émoticône.--74laprune (discuter) 26 novembre 2023 à 12:49 (CET)[répondre]

Demande 155

Demande 156

  • Type : bug
  • Description : désolé de te déranger mais désormais l'utilisation du commutateur « timeout » retourne « Alarm clock » sans absolument rien de plus. Tu peux tester si tu le veux avec « php taxobot.php -taxon "Peucetia lucasi" -timeout 10 ». Bon on peut s'en passer, ce que je vais faire en attendant. D'avance merci Émoticône sourire Givet (discuter) 5 novembre 2023 à 18:10 (CET)[répondre]
  • Signature : Givet (discuter) 5 novembre 2023 à 18:10 (CET)[répondre]
    Salut @Givet,
    Peux-tu me rappeler quel système d'exploitation tu utilises (Windows, Linux, Mac) et préciser si tu utilises Windows WSL ou Mac Wine ? Cela m'aiderait à comprendre le problème car il n'est pas bien documenté Émoticône
    J'ai annulé ma modification d'hier mais je ne suis pas sûr que ça fera disparaître le problème à court et long terme (car je ne le comprends pas ^^) !

    Concrètement (côté dev) :
    J'ai modifié timeout hier, seule les valeurs supérieures à 30 étaient autorisées. Mais il y a quelque chose d'un peu étrange : Windows n'est pas compatible avec l'extension pcntl (qui charge les fonctions pcntl_* qui servent à $timeout) sauf si tu actives Linux subsystem (WSL) (news-web.php.net résume le problème dev).

    Sauf que les fonctions ont été introduites par @Hexasoft, et les erreurs ont commencé à pleuvoir qu'après ma modification et pas tout le temps. Autrement dit, les systèmes que j'ai testés parvenaient parfois à faire fonctionner le code (pourquoi... je l'ignore).

    Le plus étrange : j'ai annulé ma modification (sur mon ordi puis sur github) mais je continue à recevoir certaines erreurs (alors que le code n'est plus le même et que je teste sous Windows WSL & Windows PHP). Bref, ta réponse pourrait peut-être m'aider à cerner le problème & dans tous les cas tu peux pull et retenter Émoticône sourire. LD (d) 5 novembre 2023 à 19:50 (CET)[répondre]
    Bonjour LD Émoticône, je suis sur Windows 11 et j'utilise le commutateur timeout depuis juin et ce avec la valeur 10, bien en deçà des 30 que tu annonces comme limite basse (voir ici, tout à la fin) et ce sans aucun problème jusqu'à il y a quelques jours seulement. Au lancement le système m'indique « Welcome to Ubuntu 22.04.1 LTS (GNU/Linux 5.15.90.1-microsoft-standard-WSL2 x86_64) », j'utilise donc WSL. Comme indiqué ce "bug" n'est pas bloquant dans la mesure où l'on peut fort bien ce passer de timeout. Hexasoft l'avait mis en place suite à ma demande avec des soucis sur ITIS. Alors, bien sûr, on pouvait demander à exclure ITIS des extractions mais timeout est plus "généraliste". Enfin, à chaque lancement je lance un "git pull" pour avoir une version toujours à jour... En tout cas merci pour ton aide mais que ça ne te prenne pas trop la tête. Amicalement Émoticône sourire Givet (discuter) 6 novembre 2023 à 08:17 (CET)[répondre]
    Bonjour LD Émoticône, machinalement j'ai relancé avec timeout 10 et... ça remarche ! On peut peut-être clore cette demande. Je te laisse faire. D'avance merci. Amicalement Émoticône sourire Givet (discuter) 9 novembre 2023 à 17:46 (CET)[répondre]
    Je classe, tout en gardant à l'esprit que j'aimerai modifier le comportement de « timeout » (pour réparer d'autres bugs). LD (d) 14 novembre 2023 à 21:07 (CET)[répondre]

Demande 157

  • Type : bug
  • Description : Depuis un pull fait le 16/11/2023 le taxobot ne fonctionne plus pour la classification WoRMS. Cela ne provient pas de WorMS car cela fonctionne avec une sauvegarde du taxobot que j'ai faite.
"php taxobot.php -taxon "Latocestidae" -classification "wrms" retourne

taxon non récupéré pour la classification. Logs : Initial: taxon=Latocestidae ; classification=wrms ; domaine=* Appel via ligne de commande Modules possibles (pour domaine '*') : gbif, itis, mycobank, wrms, algaebase, coi, adw, biolib, cites, col, ebird, eflora, eol, externe, faunaeur, fin, fishbase, gisd, grin, ifpni, inpn, irmng, lpsn, mdd, msw, ncbi, oepp, photoark, reptiledb, taxonomicon, telametro, tpdb, tropicos, uicn, wcvp, wfo Classification sélectionnée : wrms WRMS: taxon non trouvé Temps d'exécution du module (classification) wrms : 0.35s Taxon non récupéré pour la classification

C'est corrigé. LD (d) 16 novembre 2023 à 19:47 (CET)[répondre]

Demande 158

  • Type : warning
  • Description : pour info je viens d'avoir le warning suivant : « Undefined array key "tsn" in /root/taxobot/modules/mod_itis.php on line 208 » après avoir lancé « php taxobot.php -taxon "Goniobranchus gleniei" -timeout 10 -classification wrms ». Pour autant ça n'a rien bloqué du tout. Plus pour info qu'autre chose.
  • Signature : Givet (discuter) 18 novembre 2023 à 08:39 (CET)[répondre]
Bonjour Givet Émoticône C'est corrigé, merci. LD (d) 18 novembre 2023 à 14:55 (CET)[répondre]
Bonjour LD Émoticône Parfait Émoticône sourire. Merci. Givet (discuter) 18 novembre 2023 à 16:57 (CET)[répondre]
@LD : en lançant php ./taxobot.php -taxon "Daucus junceus" j'ai obtenu cette même erreur : PHP Warning: Undefined array key "tsn" in /home/hexasoft/Code/Taxobot-git/taxobot/modules/mod_itis.php on line 208.
Sur ce taxon le programme arrive avec $r contenant array(1) { ["@attributes"]=> array(1) { ["nil"]=> string(4) "true" } }. Ça semble curieux comme réponse… J'ai ajouté la vérification de la présence de "tsn" dans la structure (vu que c'est l'identifiant, sans lui c'est → taxon non trouvé). A+ Hexasoft (discuter) 26 novembre 2023 à 17:06 (CET)[répondre]
@Hexasoft L'erreur peut aussi se produire en amont à cause de :
  • get_data() que j'ai modifiée récemment : on est passé de curl_timeout à 5 / 30 / etc. à 5 partout : ça peut être insuffisant pour itis ; je songeais à modifier : en prenant en compte -timeout; -curl_timeout (nouveau) ou les deux. Cela n'a, chez moi, jamais posé problème mais j'imagine que la latence du serveur d'ITIS peut jouer.
  • get_xml() que j'ai modifié hier : peut-être que le format XML est parfois étrange, mais ça a marché avec quelques taxons que j'ai testés (Elmidae, ...).
Je referais quelques tests pour voir ; sinon ta modif semble répondre au problème : plus qu'à regrouper L213 & L186 Tire la langue LD (d) 26 novembre 2023 à 17:50 (CET)[répondre]
@LD : je ne pense pas que ce soit lié aux timeouts sur ce cas précis, car le taxon n'existe pas chez ITIS. Par ailleurs je reçois bien une "vraie" réponse de ITIS : l'URL sous-jacente où on voit bien une réponse "normale" (searchByScientificNameResponse + return) mais le contenu du return contient 'nil=true' !
C'est visiblement ce que ITIS retourne pour tout taxon non connu (j'ai testé avec divers noms inexistants) : soit ça a changé soit une modif dans le code fait qu'on arrive maintenant ici alors qu'avant on sortait plus tôt.
De toute façon ça ne peut pas faire de mal de vérifier la présence du 'tsn' puisque sans ça on ne peut rien faire Émoticône sourire A+ Hexasoft (discuter) 26 novembre 2023 à 18:41 (CET)[répondre]

Demande 159

  • Type : faux bug
  • Description :
    php taxobot.php -taxon "Stylochus" -classification "wrms"
    retourne
    Taxon non récupéré pour la classification.

Cela fonctionne pour d'autres genres. Donc peut être un fonctionnement particulier de WoRMS pour cette requête.

Demande 160

  • Type : modification
  • Description :

Salut,

Lorsqu'il trouve le taxon dans le Catalogue of Life, le bot retourne un identifiant à 36 caractères. Or, ceux-ci semblent temporaires et amenés à disparaître prochainement [2]. Idéalement, il faudrait retrouver directement l'identifiant permanent (entre 3 et 6 caractères) associé au taxon ; sinon, je pense qu'il faudrait suspendre temporairement l'appel au modèle {{CatalogueofLife}} pour ne pas insérer des liens qui seront morts dans quelques mois.

Bonjour Pharma Émoticône et merci,
Récupérer un identifiant mal renseigné par COL est fastidieux (ou une quête du Graal), voire impossible (vu que c'est un problème de synchronisation avec les catalogues/index, on ne peut pas inventer les ID et certains pourraient être déplacés Émoticône)
Je n'ai pas non plus désactivé l'appel à {{CatalogueofLife}} car certains taxons sont bien traîtés (ex. Potamanthidae).
En revanche, j'ai ajouté une vérification : si l’ID dépasse 6 caractères, alors il est traîté comme inexistant (idem avec les liens externes de debug) : le modèle ne sera plus ajouté systématiquement.
N'hésite pas à nous tenir au courant. LD (d) 21 novembre 2023 à 03:05 (CET)[répondre]
C'est super, merci ! — Pharma 💬 21 novembre 2023 à 18:52 (CET)[répondre]

Demande 161

  • Type : bug et fonctionnalité (Au passage, on peut préciser exactement ce type dans le début de section)
  • Description : Echec si un taxon a plusieurs listes d'auteurs possibles.

Exemple: php taxobot.php -taxon "Euryleptidae" -classification "wrms", alors WoRMS retourne WRMS: taxon non trouvé.
Traitements possibles : Indiquer que la requete a envoyé plusieurs résultats + Traiter les différents taxons possibles, ou Traiter les seuls taxons valides, ou Préciser par un nouveau paramètre l'auteur désiré.

Vers Wikipédia:

Salut @Hexasoft,

Puisque le projet continue de grandir, je me dis qu'on pourrait le déplacer dans Wikipédia:Taxobot pour « gagner en visibilité ». Bien à toi, LD (d) 22 août 2023 à 21:27 (CEST)[répondre]

Hello LD (oui, je suis de retour Émoticône). Ne devrait-on pas (si tous sont d'accord) le déplacer plutôt dans une sous-page du projet ou portail biologie ? A+ Hexasoft (discuter) 7 octobre 2023 à 20:11 (CEST)[répondre]
Hello & bon retour parmi nous !
On peut faire un mixte : Wikipédia:Taxobot qui redirige vers une sous-page du projet. Au moins ce sera plus simple à mémoriser et à retrouver Émoticône sourire LD (d) 7 octobre 2023 à 21:52 (CEST)[répondre]
@LD : j'ai déjà redirigé Wikipédia:Taxobot vers Utilisateur:Hexasoft/Taxobot‎. Devons-nous mettre ça sur le portail ? (et mettre à jour la redirection) A+ Hexasoft (discuter) 9 octobre 2023 à 22:03 (CEST)[répondre]

Devlog

#1 : Web v2

Bonjour à tous et toutes,

J'initie ce devlog (mot-valise pour développement et blog) en montrant des éléments à venir, plus particulièrement pour la version web.

Le passage de la première version à la seconde vise d'abord à inclure la plupart des fonctionnalités qui ont été developpées depuis le lancement de la première version web. Il reste encore quelques étapes pour rendre la version web compatible avec la version en ligne de commande : par exemple, la sélection des modules à désactiver n'est pas encore adaptée.

L'étape suivante sera dédiée à l'expérience utilisateur, c'est là que vous interviendrez. Le style a été pensé pour être relativement épuré (peu d'informations sur la page) et le code couleur adapté (accessible). Si vous avez envie d'intervenir sur le web design (conception de l'interface), vous pourrez bien entendu le faire directement dès que le dépôt aura été mis à jour (version 2 lancée). Concrètement, les couleurs, le placement des éléments, le style global de cette version pourront être adaptés aux demandes ; selon les moyens et restrictions imposées (compatibilité). Une pensée à ceux et celles qui voudraient voir différents thèmes (nuances de marron, style v1, sombre, etc.).

Une étape optionnelle pourra naître : l'adaptation de cette version web aux smartphones et tablettes. La version web n'existe que sous Apache mais il n'est pas exclu qu'une version en ligne (un site Internet) naîtra un jour ou que vous voudriez utiliser un serveur Apache sur vos petits écrans préférés. Ces derniers étant pour le moment peu propices à ce « service », le développement se concentrera sur les premières étapes. Il est néanmoins utile de mentionner des orientations possibles.

Bien à vous, LD (d) 10 novembre 2023 à 14:59 (CET)[répondre]

#2 : version 1.0.23

Bonjour,

Neuf mois déjà ! Le bambin 🐤 « v1.0.22 » prend son envol 🐔 et laisse place à son successeur : c'est le début de la version n°1.0.23.

Au programme : de nouvelles fonctionnalités (et parfois des bugs (Smiley oups)). Si la fin de cette incubation🥚 vous rend nostalgique, vous pouvez toujours (re)lire ce que ce la v1.0.22 a apporté : historique.

Parmi les futures fonctionnalités (/!\ attention spoiler /!\), il y aura (probablement) la deuxième version Web, une amélioration des sélecteurs ou encore l'inclusion de données issues des projets frères (qui ne rêverait pas de voir apparaître l'image d'un(e) Omaloplia ruricola dans la Taxobox ?).

En ce qui concerne les demandes et les bugs signalés, certaines sont en cours de résolution. Bien que cela puisse prendre du temps pour les traîter entièrement, nous sommes reconnaissants pour vos retours et vos suggestions car cela nourrit et fait mûrir le projet.

Bien à vous, LD (d) 16 novembre 2023 à 05:33 (CET)[répondre]