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Le jeu reprend le gameplay de Dr. Mario. Ainsi, chaque niveau du jeu se déroule dans une bouteille à l'intérieur de laquelle se trouvent des virus de différentes couleurs, soit bleu, rouge ou jaune. Mario lance des pilules bicolores qui tombent du haut jusqu'en bas de l'écran. Le joueur a pour objectif, en déplaçant ces pilules, de créer des colonnes verticales ou horizontales d'une même couleur afin d'éliminer des pilules déjà déposées ou des virus. Le joueur progresse au niveau suivant une fois que tous les virus ont été éliminés[1].