La 13e étape du Tour de France2009 s'est déroulée le 17 juillet. Le parcours de 200 kilomètres reliait Vittel à Colmar. C'est l'une des deux étapes du Tour (avec la 10e) qui aurait dû se courir sans oreillettes. Mais face à la fronde menée par certains directeurs d'équipe lors de la première expérience de ce type trois jours plus tôt (et qui avait entraîné une protestation de la plupart des coureurs), l'Union cycliste internationale a décidé d'autoriser le port des oreillettes pour les coureurs la veille du départ[1]. La victoire est revenue en solitaire à l'Allemand Heinrich Haussler.
Avant les étapes alpestres, les Vosges et une journée de moyenne montagne à passer entre Vittel, connue pour son eauminérale, et Colmar, l'une des villes les moins arrosées de France avec une pluviosité annuelle de 530 mm.
Le peloton se dirigera à travers la Lorraine et l'Alsace, pour affronter les cols vosgiens. Le premier d'entre eux vient après le passage à Gérardmer, où l'on se souvient qu'en 2005, la huitième étape avait donné lieu à un rude combat pour la victoire entre Andreas Klöden et Pieter Weening ; à l'époque, le jeune Néerlandais était parvenu à créer la surprise en l'emportant de justesse, pour huit millimètres. Il s'agit du col de la Schlucht, l'un des plus fréquentés du massif des Vosges, situé à 1 139 mètres, pour neuf kilomètres de montée à 6,7 %. L'enchaînement avec le col du Platzerwasel (1 182 mètres d'altitude), depuis Munster est immédiat ; si la montée est de même longueur, la déclivité moyenne est plus élevée : 7,6 %. Légèrement plus court, mais plus proche de l'arrivée, le col du Firstplan et ses 5,4 % devraient faire office de juge de paix. La fin de l'étape se déroulera en partie descendante jusqu'au terme de cette treizième journée, à Colmar, l'une des premières villes à avoir annoncé le passage de la quatre-vingt seizième édition de la « Grande Boucle ».
Au kilomètre 3, trois hommes s'échappent. Ils sont rejoints par 4 autres coureurs. Puis quelques kilomètres plus loin, ils ne sont plus que trois, Rubén Pérez, Sylvain Chavanel et Heinrich Haussler. Ils ont jusqu'à 8 minutes d'avance sur le peloton à 100 km du but. Puis Rubén Pérez se fait lâcher par les deux hommes. Dans la descente du col du Platzerwasel, Haussler lâche Chavanel victime d'une crise d'hypoglycémie et dans le peloton, Brice Feillu et Amets Txurruka attaquent. Heinrich Haussler remporte sans problème sa première victoire sur le Tour après 197 kilomètres d'échappée sous la pluie et le froid. Il s'impose avec plus de 4 minutes sur Txurruka.
Un peloton d'une soixantaine d'unités, rendu peu combatif par la pluie et le froid, concède près de 7 minutes au vainqueur. Sa passivité fait deux heureux, Franco Pellizotti et Thor Hushovd, nouveaux leaders des classements de la montagne et par points.
Dans la descente du col de Bannstein, des coups de feu ont été tirés. Óscar Freire et Julian Dean ont été touchés par des plombs respectivement à la jambe et à la main[2].
Bien qu'arrivé hors délais, le Slovène Simon Špilak a été repêché par le jury des commissaires, compte tenu de la gêne occasionnée par le nombreux public.
En , le Tribunal du Sport annule tous les résultats obtenus par Pellizotti sur ce Tour, en raison de données anormales constatées sur son passeport biologique[3].