Discussion:Cladistique

Modifications coordonnées de l'article "cladistique"

Nous sommes un groupe de personnes ayant une formation en biologie évolutive et phylogénétique qui pensons que l’article méritait des modifications (Xwyvern, Tait Sanders, MSpondyle, Djigr, Naldo-Crocoduck, Nicobola, Lardizabalaceae, Fatapatate). Notamment, beaucoup de modifications opérées par BernZ et Iossif63 remplacent le terme « monophylie » par « holophylie ». Ce terme est peu utilisé (voire pas du tout) par la communauté scientifique (en français, résultats de recherche du terme monophylie vs holophylie sur google 13 000 vs 256, en anglais monophyly vs holophyly 548 000 vs 3 880 ou l’utilisation relative de ces termes dans les livres. Nous pensons qu’en terme d’usage cette modification n’a pas de justification et entraîne majoritairement de la confusion. Nous avons donc remplacé l’utilisation du terme “holophylie” par le terme “monophylie”, selon le principe de la recherche de la neutralité du point de vue selon lequel les points de vue sont censés être présentés “en tenant compte de leur importance respective dans le champ des savoirs”. Par ailleurs nous avons essayé de rééquilibrer la proportion de l’article faisant référence à la systématique évolutionniste, car c’est une vision aujourd’hui minoritaire, mais principalement car c’est un article sur la cladistique. Des discussions plus poussées sur la systématique évolutionniste par rapport à la cladistique peuvent être insérées dans une section controverse (toutes proportions gardées, cette section ne peut pas occuper une partie importante de l’article), dans l’article sur la systématique évolutionniste, ou potentiellement sur une nouvelle page qui comparant la cladistique et la systématique évolutionniste. Pour l’instant les modifications de cet article ont majoritairement été apportées par l’utilisateur Xwyvern, mais des modifications plus importantes y seront apportées. Nicobola (discuter) 5 mai 2018 à 19:19 (CEST)

En ce qui concerne le terme holophylie, 1) "peu utiliser" ne veut pas dire "pas du tout", il est donc très contestable de supprimer totalement le terme. De plus vous ne pouvez pas comparer directement le nombre d’occurrences de monophylie et holophylie comme termes strictement concurrents puisque ceux qui utilisent holophylie utilisent aussi monophylie, mais dans un autre sens ! Cela doit gonfler artificiellement votre écart, mais je ne conteste pas que holophylie est minoritaire bien entendu. Cependant "neutre" ne veut pas dire majoritaire non plus. 2) Vous noterez également que des auteurs cladistes utilisent le terme holophylie à la place de monophylie, par exemple. Le mot a donc bien sa place ici. 3) Quand vous remplacez aveuglément “holophylie” par “monophylie” on ne sait plus s'il s'agit de la monophylie restreinte ou au sens large, c'est donc vous qui introduisez des ambiguités là où elles étaient absentes (je vous cite : « entraîne majoritairement de la confusion »). Holophylie n'entraine aucune confusion, son sens est unique, alors que celui de monophylie est polysémique, c'est un fait incontestable. 4) De manière plus générale, les systématiciens évolutionnistes utilisent tout autant la cladistique que les systématiciens cladistes, il n'y a donc pas de raisons que l'article fasse référence uniquement au cladisme. J'ai peur à ce sujet que vous confondiez taxonomie et reconstruction phylogénétique, qui sont deux activités bien séparables en systématique, mais je préfère laisser Felsenstein s'exprimer à ce sujet. BernZ (discuter) 6 mai 2018 à 16:03 (CEST)

Je me permet une réponse courte, pour rester précis. En terme de cladistique c'est très clair, la monophylie est ce que vous appelez la "monophylie restreinte", comme c'est défini dans l'article, et utilisé par la majorité de la communauté scientifique. On peut évoquer le terme holophylie au début de l'article ou dans l'article monophylie s'il le faut, mais le laisser tout le long de l'article ne respecte pas l'utilisation du terme, tel qu'il est employé dans la majorité de la littérature (et dans un contexte cladistique, ce qui est le sujet de l'article), et par conséquent tel qu'il sera rencontré par les utilisateurs de wikipédia dans d'autres contextes. Nicobola (discuter) 6 mai 2018 à 21:10 (CEST)

Oui ce serait bien le minimum d'évoquer le terme d'holophylie ! J'irai même plus loin, ce terme a une signification unique et claire (il ne provoque donc aucune gêne), donc même s'il est peu courant son « nettoyage » systématique ne se justifie pas. J'entends par là qu'une pratique honnête serait que si vous faites disparaitre une occurrence de holophylie c'est parce que vous avez complètement reformulé la phrase ou le paragraphe dans lequel il était inclus, et pas juste parce que vous vous livrez à une bête chasse aux sorcières. J'espère qu'on est bien d'accord sur le principe. BernZ (discuter) 7 mai 2018 à 09:09 (CEST)

Oui le terme sera bien évidemment mentionné (il a cela dit plutôt sa place dans les articles "monophylie" et "systématique évolutionniste" que "cladistique", ce mot n'étant virtuellement jamais utilisé par la communauté pratiquant la cladistique). Les modifications de cet article sont en cours et il va être revu plus en profondeur, il ne s'agissait pas spécialement de remplacer bêtement un mot par un autre par esprit de chapelle. Je pense que nous sommes tous de bonne volonté. Lardizabalaceae (discuter) 7 mai 2018 à 10:46 (CEST)

Je ne vois pas ce qu'il y a d'ambigu avec le terme "monophylie" en cladistique. BernZ, vous écrivez que "c'est un fait incontestable"...il serait bon de vous expliquer, et donner des sources --Fatapatate (discuter) 7 mai 2018 à 11:48 (CEST)

C'est pourtant simple, monophylie a au moins deux sens, monophylie (sens restreint) = holophylie, ou bien monophylie (sens large, sens d'origine) = holophylie + paraphylie. Bon quant aux sources, la littérature est quand même assez abondante sur le sujet, faut pas déconner j'en donnerai qu'une [1]... « Dans un contexte cladistique », déjà les évolutionnistes utilisent au moins autant la cladistique que les cladistes, il n'y a pas de différence là-dessus [2], ensuite il y a justement des cladistes qui, par rigueur intellectuelle (je n'ose dire honnêteté pour ne vexer personne), utilisent holophylie. Aller, au hasard, disons Kluge [3]. BernZ (discuter) 7 mai 2018 à 12:50 (CEST)

Problèmes dans l'intro

Je me suis permis de signaler les problèmes que j'ai repéré plutôt que de les corriger directement.

1. Multiples passages à reformuler car pas clairs ou pas de sens.
2. La « systématique phylogénétique » c'est plus large que la simple cladistique et les deux ne doivent pas être confondus. On peut adhérer à la systématique phylogénétique et rejeter les méthodes cladistiques. D'ailleurs il est malheureux que le signalement de la confusion avec cladisme (= systématique phylogénétique) ait été supprimée...
3. L'« analyse cladistique » n'est pas synonyme de « reconstruction phylogénétique », il existe aussi des méthodes non cladistiques pour ça.
4. D'ailleurs l'analyse cladistique n'est pas le paradigme dominant, non c'est la « phylogénétique statistique » qui est dominante aujourd'hui (et on trouve suffisamment d'articles de cladistes s'en plaignant pour le sourcer, d'ailleurs ce fameux édito de Cladistics en dit long sur la situation)... « cladistics is becoming a more and more marginal field » Baum 2017
5. Suppression non justifiée d'une source. BernZ (discuter) 7 mai 2018 à 10:08 (CEST)

Je me permet d'ajouter un problème supplémentaire ; la trop grande présence (pour ne pas dire l'envahissement) du RI par les sources : 16 ! Totalement disproportionné dans un si petit RI, notamment au regard de la recommandation Pas de source en résumé introductif. Certains sont carrément dispensables (le 1 : définition du Larousse en ligne) ou faisant un sourçage trop important pour une même information (doublon ou tripli : 1,2 - 3,4,5 - 14,15,16). Un nettoyage s'impose à mon avis. --RawWriter (discuter) 8 décembre 2021 à 15:06 (CET)

Verification du fond de l'article "cladistique"

• Discutez dans les chapitres prévus.
• Liens utiles : À recycler - À traduire - À fusionner - Orthographe à vérifier - Soupçons de copyright - Articles non neutres

Proposé par : Nicobola (d) 10 septembre 2010 à 11:55 (CEST)Nicobola

Raisons de la demande de vérification

L'article a été principalement écrit par moi et quelques autres internautes. Ce sujet est complexe et sujet à beaucoup de discussions. La vérification par quelqu'un d'autre maîtrisant le sujet serait souhaitable pour améliorer, completer ou corriger des explications maladroites ou des confusions éventuelles. Nicobola (d) 10 septembre 2010 à 11:55 (CEST)Nicobola

Il y a confusion effectivement entre cladistique et cladisme. La cladistique n'est que la méthode mathématique, alors que le cladisme est l'école de taxonomie qui utilise les clades comme unité de classification. L'article semble souffrir en fait d'une confusion implicite entre phylogénie et classification résultant de la phylogénie. Je propose de scinder l'article en deux afin de distinguer clairement les deux concepts. Iossif63 (d) 13 novembre 2011 à 14:58 (CET)

Réduire la cladistique à une simple méthode mathématique est simplement faux. Hennig n'a jamais utilisé d'algorithmes pour faire de la cladistique. Par ailleurs, au sein de la cladisique, phylogénie et classification sont justement unifiés. C'est la raison de son nom formel : systématique phylogénétique. Je ne pense donc pas que cette distinction soit pertinente par contre je peux tenter d'insister sur l'unification de la systématique et de la phylogénie au sein de la théorie cladistique (qui est une théorie et non pas un simple algorithme). En tout cas merci de proposer des choses :D Nicobola (d) 13 novembre 2011 à 15:27 (CET)

Mais de rien. "Mathématique" ne signifie pas qu'on va forcément utiliser un algorithme sur un ordinateur (bien que ce soit aujourd'hui le cas). La méthode cladistique proposée par Hennig est bel et bien cependant une procédure (donc un algorithme au sens large) qui permet de déterminer l'arbre le plus parcimonieux parmi tous ceux possibles. Tu dis : « au sein de la cladis[t]ique, phylogénie et classification sont justement unifiés. » Justement non, au sein du cladisme phylogénie et classification sont unifiés. Mais la méthode cladistique est également utilisée par les systématiciens non cladistes pour reconstituer des phylogénies. Attention, le terme de "systématique phylogénétique" est controversé car la taxonomie évolutionniste est également phylogénétique ! Enfin la cladistique ou le cladisme ne sont pas des théories scientifiques au sens strict de ce terme, mais une méthode d'une part et une école de pensée d'autre part. Iossif63 (d) 13 novembre 2011 à 15:54 (CET)

Hennig ne propose pas explicitement de méthode pour trouver l'arbre le plus parcimonieux, il propose juste de faire en sorte que les caractères soient congruents sans proposer comment (ce qui a fait couler de l'encre par rapport au terme congruent et par rapport à la parcimonie). En gros la méthode dite hennigienne, ne fonctionne ni avec matrice, ni avec algorithme, c'est une méthode d'argumentation et de critique. Cette méthode est une manière d'appliquer la théorie cladistique (qui a une base mathématique je te l'accorde mais une théorie a une base mathématique ou du moins logique de toute manière). L'argumentation hennigienne propose un arbre avec des arguments explicites, en distinguant plésiomorphie et apomorphies puis on le discute. Ce que tu appelles cladistique est, je pense effectivement la méthode qui peut être utilisé pour toi même par des non cladistes. Pour moi tu confond théorie et méthode. La cladistique est une théorie, le NJ ou la parcimonie sont des méthodes qui peuvent, ou non, être employées dans le cadre de la théorie cladistique. Qu'un gradiste utilise un arbre bayésien ou de maximum de parcimonie tant mieux mais une méthode n'a aucune valeur interprétative du monde. Méthode hennigienne, Bayésien, NJ, Parcimonie sont des manières (explicites ou non, plus ou moins compatibles avec la théorie cladistique) de reconstituer un arbre. La cladistique est la théorie qui interprète ces arbres. Bref tu emplois ces termes d'une manière vraiment étrange d'après moi. Tu devrais lire cet article : The Autonomous Algorithm: Malpractice in Theory [4] (ces types ont une vision particulière et minoritaire mais ils soulèvent bien le problème).

Quand au terme "systématique phylogénétique", ce n'est pas parceque cette expression emploie le terme "phylogénétique" que ça implique que la systématique (ou taxonomie) évolutionniste ne soit pas phylogénétique. Je suis au courant de ce débat mais est-ce parcequ'une théorie 1 ne se nomme pas avec le "terme" phylogénétique alors qu'elle comprend ce concept qu'aucune théorie 2, 3 ou autre ne doit porter l'expressions "phylogénétque" dans son nom sous prétexte que la théorie 1 ne l'emploie pas ?

Enfin, je te renvoie à l'article dont je te passe le lien pour insister sur l'idée que oui, la cladistique (le cladisme étant la position, l'école) est une théorie... Nicobola (d) 14 novembre 2011 à 12:47 (CET)

Je réponds seulement à ça pour l'instant : est-ce parcequ'une théorie 1 ne se nomme pas avec le "terme" phylogénétique alors qu'elle comprend ce concept qu'aucune théorie 2, 3 ou autre ne doit porter l'expressions "phylogénétque" dans son nom sous prétexte que la théorie 1 ne l'emploie pas ? Je réponds oui sans hésiter, parce que le nom d'une théorie devrait être explicite (qu'est-ce qui la différencie d'une autre ?) ou au moins non trompeur. L'emploi du terme "phylogénétique" pour désigner le cladisme est donc une double erreur parce qu'il ne différencie pas le cladisme des autres pratiques phylogénétiques et trompeur parce qu'il sous-entends que les autres pratiques ne sont pas phylogénétiques. C'est donc de l'ordre de la manipulation, de la malhonnêteté intellectuelle, ou dans le meilleur des cas une maladresse grave. Iossif63 (d) 14 novembre 2011 à 20:54 (CET)

"C'est donc de l'ordre de la manipulation, de la malhonnêteté intellectuelle, ou dans le meilleur des cas une maladresse grave."... A t'entendre les cladistes sont diaboliques. Je te rappelle pour l'Histoire, on ne sait jamais, que lorsque Hennig a proposé la "systématique phylogénétique", il l'a proposé comme précision, amélioration de la "systématique évolutionniste". Sont objectif était donc clairement de manipuler l'ensemble de la communauté scientifique. Bon mais heureusement tu concèdes qu'il était peut-être simplement d'une maladresse grave. L'honneur de la grande majorité des systématiciens contemporains et de ces dernières décennies est donc sauf. Donc à t'entendre tu conviendras que la taxonomie numérique ne devrait pas s’appeler comme ça puisque la systématique évolutionniste est aussi de la taxonomie et que la systématique phylogénétique aussi. Au final toute nouvelle théorie devrait avoir un nom farfelu qui ne fait allusion à aucun concept qui soit présent dans une théorie alternative qui traite de ce concept et ne cite pas ce concept dans son nom ? Nicobola (d) 14 novembre 2011 à 23:56 (CET)

C'est peut-être provocateur dit comme je le dis, mais heureusement tu n'as pas l'air susceptible. Mais c'est en tout cas le point de vue clairement exprimé des évolutionnistes. Ce n'est pas pour rien que Cavalier-Smith parle des "hennigian endoctrinees". Pour taxonomie numérique tu peux dire phénéticisme ^^. Comme tu l'auras compris c'est une lutte idéologique entre des courants de pensée radicalement opposés, et dans une lutte de ce type les termes employés sont tout sauf neutres. Par exemple ça agace vraiment beaucoup les évolutionnistes quand les cladistes parlent de leur classification "traditionnelle" ou "classique", des termes forcément connotés désuet et vieillot.

Pour l'emploi correct du mot théorie, tu as peut-être raison, mais ce n'était pas ce que je voulais souligné sur la différence entre cladisme et cladistique. Le cladisme est du ressort de la taxonomie uniquement, son but est d'établir une classification. Alors que la cladistique est du ressort du reste de la systématique, son but est d'établir une phylogénie. C'est cette différence qui doit apparaître quelque part. Iossif63 (d) 15 novembre 2011 à 06:31 (CET)

Si tu le dis je peux y réfléchir. Je t'explique pour moi quelle est la distinction entre systématique, taxonomie et phylogénie. d'après moi la systématique est le fait de produire une classification (un système). Pour moi la taxonomie est le fait d'identifier et de faire des diagnoses de taxons qui permettent de les identifier. En cladistique une partie de la description provient directement de la systématique : au moins toutes les synapomorphies seront des caractères diagnostiques. Mais pas son ensemble : on peut très bien identifier et décrire (taxonomie) un taxon selon des caractères plésiomorphes et convergents, en gros comme une combinaison de caractères non exclusifs (caractères qu'on ne peut pas utiliser dans l'étape précédente et cladistique). Les groupes identifiés sont cependant des produits de la cladistique. Trouver un nouveau taxon et l'assigner avant analyse (scientifique du moins, pas informatique) dans un groupe est de la taxonomie. Trouver un nouveau taxon l’intégrer dans une analyse (ou une revue systématique) est de la systématique. La phylogénie est encore une autre chose, c'est une supposition sur les relations de parentés "naturelles" issues de l'évolution. Les deux sont synonimisés en cladistique mais ce n'est pas nécessaire dans d'autres théories. Un des problèmes du phylocode est de confondre complètement toutes ces notions (systématique, phylogénie, taxonomie, nomenclature. Je ne suis absolument pas opposé au phylocode, pas plus qu'à la nomenclature linnéenne, c'est juste une critique).

Bref, je t'avoue qu'en tant que cladiste probablement, pour moi la distinction entre taxonomie et systématique n'est pas super importante puisque pour moi la taxonomie se base sur une systématique particulière (selon ma vision hein) et ce n'est donc pas pour moi la problématique. Si tu pouvais m'expliquer d'après toi quels sont les tenants et les aboutissants de ces concepts en cladistique (on discute sur l'article cladistique) ça me permettrait de mieux comprendre ta critique/proposition ;) Nicobola (d) 15 novembre 2011 à 11:10 (CET)

Pas de problème :) Ta confusion n'est pas étonnante, très franchement beaucoup de chercheurs confondent aussi, mais justement en tant que cladistes ils n'ont pas de besoin de faire la différence au quotidien.

La phylogénie c'est simplement l'arbre des relations de parenté entre les espèces. La phylogénie se représente sous la forme d'un phylogramme, il comporte trois types d'informations : la topologie (ou généalogie), la distance phénétique (ou phénotypique) et le temps. Le rôle de la systématique est de rechercher de telles phylogénies à l'aide de différentes méthodes (les données paléontologiques, la cladistique, l'anatomie comparée etc.). Les systématiciens accordent une importance différente au poids de ces différentes méthodes, à leurs avantages et leurs inconvénients.

Les différentes écoles de taxonomie (cladisme, phénéticisme, évolutionnisme) ne s'opposent pas sur ces méthodes, toutes partent de la même base mais n'en font pas la même chose pour créer leur classification. Par exemple, la seule chose qui intéresse les phénéticistes c'est la distance phénétique, le phylogramme est donc simplifié en phénogramme (il comporte des phénons), et c'est à partir de ce phénogramme qu'ils fabriquent leur classification (c'est anachronique, mais par exemple Linné et sa classification seraient phénéticistes). Les phénéticistes acceptent les groupes polyphylétiques, ça ne les gêne pas parce qu'ils ignorent tout simplement la généalogie (ou topologie). Pour les cladistes c'est exactement le contraire, le phylogramme est épuré pour ne conserver que la topologie et devient un cladogramme (dans la pratique il n'est pas absolument nécessaire de faire un phylogramme d'abord). Le cladogramme comporte des clades (groupes holophylétiques). La philosophie du cladisme, pour fabriquer la classification, c'est de transposer directement/automatiquement tous les clades en taxons (= unité de la classification). Toujours en partant de la même base, les évolutionnistes ne veulent pas simplifier le phylogramme pour fabriquer la classification, ils veulent tenir compte à la fois des données généalogiques et phénétiques, ce qui les amène à sous-peser l'importance relative (d'un point de vue évolutif) des symplésiomorphies, synapomorphies et autapomorphies.

Bref, malgré une pratique systématique commune (dont la cladistique fait partie), les trois écoles s'opposent sur la pratique taxonomique qui consiste à présenter les résultats de leurs recherche sous une forme ou sous une autre (les différentes classifications).

Bien entendu cette présentation des choses est un peu réductrice. La taxonomie c'est aussi comme tu dis la reconnaissance et l'identification des espèces. La pratique de la taxonomie dans les détails a un impact plus ou moins subtile sur la pratique de la systématique mais également la théorie de l'évolution elle-même. J'espèce avoir été clair sur "ma" vision des choses. Iossif63 (d) 15 novembre 2011 à 15:58 (CET)

Discussions et commentaires

Toutes les discussions vont ci-dessous.

Dans les cladogrammes présentés pour illustrer la mono-, para- et polyphylie, le clade "Pisces" est indiqué. Pas terrible dans un article de cladistique... Naldo 911 (d) 22 novembre 2010 à 14:47 (CET)

Ces figures sont empruntées à partir de fichiers déjà présents sur wikipédia. Il serait effectivement préférable d'en utiliser d'autres. Malheureusement je n'en ai pas sous la main. Nicobola 22 novembre 2010

Cladisme vs cladistique

Le paragraphe "Le clade comme unité de classification" aurait sa place dans un article intitulé "cladisme". Le reste de l'article correspond globalement à l'intitulé "cladistique" mais il faudrait y remplacer presque systématiquement le terme de "taxon" par celui de "clade" (ce qui implique de remanier certaines phrases). Pour rappel, la cladistique se rapporte à la reconstruction des généalogies tandis que le cladisme se rapporte à la construction d'une classification fondée uniquement sur ces clades. Le fait que la cladistique soit indépendante du cladisme (puisque la systématique évolutionniste utilise également abondamment la cladistique tout en rejetant le cladisme) nécessite cette séparation en deux articles distincts. Iossif63 (d) 20 janvier 2012 à 09:03 (CET)